Ainda na busca pelos assassinos de Vaughn, Sydney precisa aprender a trabalhar com Tom o novo agente da APO.

Quando vão atrás de uma pista para recuperar a susbstância 33 cruzam o caminho de Gordon Dean, justamente o homem que procuravam e que comanda uma organizção parecida com a SD-6.

O contato acontece por meio de Rachel, que é mais ou menos outra Sydney Bristow, recrutada e enganada, acredita mesmo que trabalha para a CIA. Quando descobre, ela ajuda Syd, Tom e Marshall, mas acaba comprometida e escapa por muito pouco da explosão do escritório onde funcionava a agência.