Quase final de temporada e tudo tem que dar errado, claro. Primeiro, existem as suspeitas de Irina estar viva, o que Sydney confirma com um dos contatos de Yelena. A Irina que Jack supostamente matou era, na verdade, um daqueles clones do projeto Helix.

Então, enquanto Yelena e Sloane começam a atacar uma cidade russa com a bola vermelha e aquela substância da orquídea na água, gerando uma guerra por ali, Sydney, Nadia e Jack vão resgatar Irina.

Uma vez recuperada, ela reencontra Nadia, a filha que nunca conheceu e na chegada à Los Angeles acaba presa. Mas, Sydney convence a Diretora Chase a soltá-la, pois Irina é a única pessoa capaz de deter o que está acontecendo.

O plano para acabar com o início do apocalipse começa e novidades surgem, como a insinuação de que Nadia é filha de Jack e não de Sloane.

No avião, antes de saltarem para a grande bola vermelha, Vaughn pede Sydney em casamento. Depois disso, eles vão rumo ao final da temporada.