Com Vaughn doente, Sydney sai em busca do antídoto, que existia em uma base de operações, de acordo com informações de Irina.
Durante a missão, Sark a captura e em troca de sua vida e do antítodo ele quer Arvin Sloane. Quando o chefe da SD-6 vai ao Japão, Sydney o entrega a Sark e consegue o antítodo, salvando Vaughn. Mas, para surpresa dela, Sloane não acaba morto, mas Sark é quem passa a integrar a SD-6, na tentativa de revelar os segredos de Rambaldi.
Começa a rolar um clima de vai ou racha entre Sydney e Vaughn, mas se isso vai rolar essa temporada, já são outros quinhentos.