Com a nave e os corpos de alienígenas capturados pela nave-mãe, Eric Crawford e sua equipe ficam sem emprego, mas isso não faz cessar sua obsessão com os Clarke, especialmente Tom. O objetivo de Eric é descobrir o motivo da mudança de crença de Tom, antes um cético. Não demora muito para que ele descubra a existência de Lisa, filha de Jacob, que morre precocemente ainda na infância da filha.
Lisa, assim como Charlie é objeto de profundo interesse dos extraterrestes e sofrem seguidas abduções.
Já adulta, Lisa pede ajuda do tio Tom para fugir de Eric, mas com a tecnologia e um pedaço do cérebro de Lester, o governo já sabe rastrear as frequencias cerebrais dela. E não é diferente com Charlie e todos os outros abduzidos. Os militares conseguem desvendar a frequencia dos transmissores e por todo o mundo eles podem ser encontrados a um clique.
Mas para que Eric e sua equipe possam se aproximar deles, não será assim tão fácil, Eles contam com a proteção dos ETs.
Durante uma das abduções, Charlie e Lisa se encontram na nave e acabam gerando um bebê, Allie, o produto genético final de décadas de aprimoramento. Apesar de pais de Allie, eles nunca se encontraram fora da nave. E agora que o bebê nasceu, Charlie também expele seu transmissor. Ele não serve mais para os aliens.
Ao mesmo tempo, Mary, filha de Eric e estudante do genoma parece ter herdado muito do avô, Owen. Agora ele pode ser a nova pedra no sapato dos Keys e dos Clarke.